咖啡豆的處理方法有三種：乾燥法、水洗法、以及半水洗法

　　咖啡水洗法始於18世紀中期。水洗過程首先要將咖啡果實(紅色櫻桃)的果肉去除，接着用發酵槽去除殘留在內果皮上的黏膜，豆子清洗過後加以乾燥。非水洗法與水洗法的不同，在於非水洗法是乾燥之後再去除果肉，而水洗法則是去除果肉後再幹燥。

　　水洗法能通過每個步驟去除雜質(石頭或垃圾等)與瑕疵豆，因此生豆的外觀均一，普遍被認爲具有高品質，交易價格也較自然乾燥法精製的咖啡豆高。

　　但是工程分工越細，作業與衛生管理方面的手續也就越多，風險亦越高，因而水洗式不見得就等於高品質。水洗式咖啡最大的缺點在於，發酵過程中咖啡豆容易沾染上發酵的臭味，有些咖啡行家指出：“一顆有發酵味的咖啡豆會壞了50克的豆子。”豆子會沾上發酵味，絕大多數是因爲發酵槽缺乏管理維護的關係。將內果皮上帶着黏膜的咖啡豆浸泡在發酵槽中一個晚上就能夠去除黏膜。但若是發酵槽中的微生物產生變化，會導致咖啡豆沾上發酵味。

　　另外，咖啡水洗法的設備成本較高，水洗的步驟也相當費工夫，生產成本也就相對提高了。