將烘焙後的咖啡豆粉碎的作業叫研磨。研磨咖啡豆的道具叫磨子。

　　研磨咖啡最理想的時間，是在要烹煮之前才研磨。因爲磨成粉的咖啡容易氧化散失香味，尤其在沒有妥善適當的貯存之下，咖啡粉還容易變味，自然無法烹煮出香醇的咖啡。

　　有些人怕麻煩或是不想添購磨豆機，平時在家喝咖啡就買已磨好的現成咖啡粉，這時要特別注意貯存的問題，因爲臺灣氣候潮溼，咖啡粉開封后最好不要隨意在室溫下放置，比較妥當的方式是擺在密封的罐子裏放入冰箱冷藏，而且不要和大蒜、魚蝦等味道重的食物同置。因爲咖啡粉很容易吸味，一個不小心就成了怪味咖啡，那麼再好品質的咖啡也都糟蹋了。倒是有人把烹煮過的咖啡粉渣放在冰箱當除臭劑，不失爲一個物盡其用的好方法。

　　研磨豆子的時候，粉末的粗細要視烹煮的方式而定。一般而言，烹煮的時間愈短，研磨的粉末就要愈細;烹煮的時間愈長，研磨的粉末就要愈粗。以實際烹煮的方式來說，ESPRESSO機器製作咖啡所需的時間很短，因此磨粉最細，咖啡粉細得像麪粉一般;用塞風方式烹煮咖啡，大約需要一分多鐘，咖啡粉屬中等粗細的研磨;美式濾滴咖啡製作時間長，因此咖啡粉的研磨是最粗的，一顆顆像貝殼沙灘上的京粒般。研磨粗細適當的咖啡粉末，對想做一杯好咖啡是十分重要的，因爲咖啡粉中水溶性物質的萃取有它理想的時間，如果粉末很細，又烹煮長久，造成過度萃取，則咖啡可能非常濃苦而失去芳香;反之，若是粉末很粗而且又烹煮太快，導致萃取不足，那麼咖啡就會淡而無味，因爲來不及把粉末中水溶性的物質溶解出來。

　　一般而言，好的研磨方法應包含以下4個甚本原則：

　　1、應選擇適合衝煮方法的研磨度;

　　2、研磨時所產牛的溫度要低;

　　3、研磨後的粉粒要均勻;

　　4、衝煮之前才研磨。

　　不管使用什麼樣的研磨機，在運作時一定會磨擦生熱。優良物質大多具有高度揮發性，研磨的熱度會增加揮發的速度，香醇散失於空氣中。

　　咖啡豆在研磨之後，細胞壁會完全崩解，這時與空氣接觸的面積會增加很多，氧化與變質的速度變快，咖啡在30秒到2分鐘之內就會喪失風味。因此，建議不要買咖啡粉，最好買咖啡豆，在喝前才研磨，磨好則應趕快沖泡。

　　在磨豆機發明之前，人類使用石制的杵和鉢研磨咖啡豆。國外有位醫生曾經實驗這種古老的工具，並與現代化的磨豆機做比較，據說還是搗杵和石鉢所磨出的咖啡粉，最能泡出香醇風味。

　　依據邏輯推理，搗杵以撞擊方式使咖啡豆自然裂開，應該不會破壞細胞壁，留住咖啡的優良物質。