在水洗過程中，果實的果皮和果肉經特殊的去漿機處理與咖啡豆剝離。咖啡豆隨後進入發酵缸進行發酵處理，以使粘膜不再粘滑。黏膜中的糖分會在發酵過程中被分解。根據發酵手法的不同，發酵的時間通常爲12小時至6天（一些種植者會利用淋水系統發酵咖啡豆。這種方法被稱爲“肯尼亞水洗法（Kenyan method），通常會持續數日）。決定何時停止發酵極爲重要。一旦咖啡過度發酵，咖啡的味道就會變得過酸。一旦粘膜的粘性物質被分解殆盡，人們就會利用大量的水將其沖洗下去（生豆處理過程中產生的廢水被認爲是咖啡工業的污染源頭。如今，很多地區正在研究先進技術，以回收利用並過濾這一過程產生的廢水）。水洗髮產生於19世紀，也被稱爲“溼法加工”。

嚴格受控的發酵過程會提高咖啡的酸度，並會在咖啡最終的口味中有所體現。但只要在發酵過程後立即進行水洗處理，咖啡的口味就可以得到提升，並帶有明亮的酸味種方法在巴西極爲常見。自然水洗法與水洗法極爲相似，不同之處在於自然水洗法是用高壓水洗機去除咖啡表層的粘膜的，從而跳過的發酵過程。巴西和哥倫比亞的數家咖啡生豆處理公司已將這種方法申請專利，併成爲了當地的自然水系加工發壟斷企業。這種方法的用水量遠低於水洗髮，因此有些人習慣稱之爲“半乾燥法（Semi-Dry）”。由於沒有經過發酵，咖啡豆並不存在（或僅存在極低的）發酵風險，咖啡的整體品質更加恆定。但不幸的是，咖啡由於沒有發酵，口味會趨於平淡。因此，種植者不會對超高品質的咖啡豆種使用自然水洗法。大部分生豆採購公司也很少購買經自然水洗法加工處理的咖啡哦度