90年代初，游擊戰爭大大地破壞了該國的國民經濟，使咖啡的產量從70年代初的350萬袋下降到1990–1991年的250萬袋。該國東部受游擊戰爭影響最大，許多農夫和工人被迫離開莊園。資金短缺致使咖啡產量大跌，由過去的每公頃產量1200公斤下降到今天的每公頃產量不足900公斤。

此外，政府1986年對出口咖啡額外收取15％的關稅，即在現存30％的稅收之外再徵收15％。稅收連同不利的互兌率，使咖啡出口極度減少，質量也隨之下降。

政府終於認識到咖啡在國民經濟中的巨大作用，例如：解決就業、賺取外匯和發展農業生產等，因此在1990年把部分咖啡出口工業私有化，希望以此增加咖啡在出口市場中的所得率。

今天，這種咖啡佔全國出口量的40％。質地最優的咖啡在1月到3月出口，35％的特硬豆出口德國薩爾瓦多咖啡與墨西哥、瓜地馬拉並列爲阿薩、麥爾多集圍的生產國，並且正與其他國家爭取中美的前一、二名。產地高地者，爲大小均稱的大顆咖啡豆、香濃口感溫和。與危地馬拉和哥斯達黎加一樣，薩爾瓦多的咖啡依據海拔高度進行等級劃分，海拔越高，咖啡越好，依標高而分爲三個等級：SHB（strictly high grown）=高地，HEC（high grown central）=中高地，CS（central standard）=低地；最好的品牌是匹普(Pipil)，這是阿茲特克——瑪雅人(Aztec—Mayan)對咖啡的稱呼，它已經得到了美國有機物證明學會(Organic Certified lnstitut eof America)的認可