篩除浮豆

先把收成的咖啡果實倒進大水槽裏，成熟飽滿的果實會沉入水底；發育不全或者過熟的果實會浮上水面，這些浮豆需加以剔除劣質豆。

去果肉

然後用pulping machine（果肉刨除機）將咖啡果實的果皮果肉打掉，不成熟的果實由於果肉分離不易，會在這一階段被篩除。 經過果肉篩除機之後，剩下的就是果膠，羊皮和種子了。

發酵去果膠

藉由發酵過程，將果膠用生物分解的方式除掉。 發酵過程約24-36小時，期間須時常攪動以加速果膠由種子上分離。 水洗髮酵會產生檸檬酸，蘋果酸及醋酸等酸性物質，這些酸值會滲入生豆，使得水洗法的豆子酸味較日曬法重。 完成發酵後，然後用乾淨的水徹底沖洗咖啡。此時咖啡約爲57％的水分。

乾燥

爲了將水分降低到期望的最大值12.5％，羊皮紙咖啡在陽光下，機械乾燥器中或兩者的組合下被幹燥。 曬乾需要8至10天。 然後將該羊皮紙咖啡儲存。 

脫殼

最後乾燥後利用脫殼機（hulling）去除包裹在咖啡豆上的羊皮打磨去殼而得到生豆。

優點

1. 生豆顏色深綠，外觀完整，賣相佳；

2. 酸味及明亮感較日曬豆佳；

3. 風味也較乾淨，品相與口味會更加乾淨而均一；

4. 由於一開始就去除掉了果肉，所以就不必擔心發黴的問題。

風味

水洗豆因爲在發酵池裏發酵出酸性物質，所以咖啡豆通常帶有明亮乾淨的酸性。

水洗法缺點

要取得200G生豆需水洗1公斤果實，同時約需耗掉2-10公升的淨水，成本高。