有腦血管瘤患者不適合喝咖啡，心臟病患應喝不含或低咖啡因的咖啡，因爲咖啡因會增加心跳速度而造成心臟缺氧。此外皮膚病患者及有胃病者應儘量少喝咖啡，纔不致因過量而導致病情惡化。糖尿病患者也要避免喝加入太多糖的咖啡，以免加重病情。美國食品及藥物管理局(FDA)曾發表聲明，建議已經懷孕或可能懷孕的婦女減少咖啡因的攝取。因爲孕婦在懷孕的第二期和第三期，代謝咖啡因的速度大約比未懷孕時快兩倍，而且，咖啡因還會越過胎盤進入胎兒，亦會透過母乳的哺育流入嬰兒體內。除此之外，許多研究並無法證明適量的咖啡因會對胎兒造成不利的影響，也沒有醫學報告禁止孕婦喝咖啡。在此仍建議孕婦及親自哺乳婦女對咖啡因的攝取需較爲謹慎。總之，如果發現自己喝咖啡後感到身體不適，就應暫時不要喝咖啡，然後再從少量、改變喝法等方式着手。