起初咖啡只在宗教典禮和醫師處方上使用。自從醫學界發現它的妙處，就有越來越多的醫師在處方中使用到它。咖啡可以用來治療許多疾病，如腎結石，痛風，天花，麻疹與咳嗽。一篇17世紀末的文獻中引述了植物學家阿爾皮諾斯的著作。在他關於埃及的【醫藥與植物】一書中寫到：它是治療女性停經的良藥，對於那些停經並伴有疼痛的患者，這是一貼特效藥。 咖啡有許多對人體非常好的藥用價值，當然是在適量飲用的範圍內：

　　提神醒腦

　　咖啡所含的咖啡因會刺激腦部的中樞神經系統，延長腦部清醒的時間，使思路清晰、敏銳，且注意力較爲集中，可提高工作及學習的效率。

　　抗憂鬱

　　少量的咖啡可使人精神振奮，心情愉快，紓解憂鬱的現象。

　　控制體重

　　咖啡因能提高人體消耗熱量的速率，一項研究發現 100 毫克的咖啡因 (約1杯咖啡)，可加速脂肪分解，能使人體的新陳代謝率，增加百分之三至四，增加熱能的消耗，適量飲用，有減重效果。

　　促進消化

　　咖啡會刺激交感神經，提高胃液分泌，如果在飯後適量飲用，有助消化。

　　利尿

　　咖啡具利尿作用，可提高排尿量，而使上廁所次數增加。

　　改善便祕

　　咖啡可刺激腸胃激素或蠕動激素，產生通便作用，可當快速通便劑。

　　降低患腸癌或直腸癌的機率

　　咖啡含有天然抗氧化物。

　　止痛

　　咖啡因做爲一個藥品時，可以加強某些止痛劑的效果。 (可減緩偏頭痛) 總之咖啡只要不空腹喝，不過量喝，對於保持健康還是有一定幫助的。