下面是最常用的包裝方式：
麻袋是包裝和運輸生豆最常用也是最經濟實惠的選擇，黃麻是可再生資源，而且麻袋很便宜，使用起來也不需要超出一般磨坊和出口點能力的特殊技能或器械。但是，麻袋無法隔絕溼氣與臭味，因此其轉的咖啡豆在儲藏和運輸的過程中很容易受到損壞。
真空包裝是生豆包裝最好的方法，真空袋能使生豆隔絕溼氣、臭氣和氧氣，並能大大的減慢呼吸過程，因此減慢咖啡豆的老化過程。在將生豆裝進真空袋之前，要密切關注豆子的水分活性，避免在儲藏期的生豆發黴。真空包裝的成本將近每磅0.15-0.25美元（沒公斤0.45-0.75歐元），並且需要特殊的機器以及技能，通常還會延誤生豆的運輸時間，因此這種方式還是無成本與風險的。
麻袋以及其它的密封袋能夠使生豆隔絕溼氣、臭氣、相比真空袋也更便宜、更方便。糧袋對生豆的保護時間要比麻袋久的多，卻是真空袋保護時間的一半。糧袋包裝的成本是每磅0.05-0.10美元（0.15-0.30歐元每公斤），因此糧袋是那些注重質量的烘焙商的最實用也是最佳的選擇。與真包裝一樣，在把生豆放進糧袋之前，要密切關注豆子的水分活性，避免其在儲存期發黴或長微生物。
冷凍儲藏—即將生豆裝進真空袋，並放進低於0ºC（32ºF）的環境下保存，這種方法能使咖啡豆的風味保存幾年。一些烘焙商會將大量的精品咖啡豆冷凍幾年，並將其稱爲復古咖啡豆售賣，但是當前市場對這種豆子的需求還很小。冷存儲法能將五年的生豆的風味保存的如一個月的生豆一樣完好，這一點確實是很令人驚訝的，但是這種方式還是太貴，甚至有些人認爲是浪費。然而，在一些高溫地區，冷凍法還是一個很值得考慮的方式，因爲大多數生豆在極熱的環境放幾天就會受到損壞。
無論烘焙商選擇何種方式，都要採取行動，確保倉庫在全年都能有一個穩定的存儲環境。極熱或極溼的環境，將生豆存放在離地面較高的地方，那裏的溫度可能比想象的高，或是將生豆存在與烘焙機過近的地方，這些情況都會使生豆的質量受影響。
應季性
近幾年，一些烘焙商着重強調只提供“應季”的咖啡豆。正如咖啡業裏的許多其它概念一樣，對於應季性也沒有一個一致認可的定義。有些人認爲只有最近採摘的生豆才能算是應季的，其他人對於應季生豆的採摘時間定義的就沒那麼嚴格了。
在這裏提供一個由專業生豆買家Ryan Brown提出的定義“我們關注應季性正是因爲我們關注咖啡品質。只要這杯咖啡的味道鮮活，能過體現其酸度，並且沒有任何‘老’的標誌，那麼豆子就可以稱得上是應季的，就是這麼簡單。