精品咖啡豆的生長環境也有較高要求。一般生長在海拔1500米甚至2000米以上的高度，具備合適的降水，日照，氣溫及土壤條件。一些世界著名的咖啡豆還具有特殊的地理環境，如藍山地區的高山雲霧，科納的午後“飛來之雲”所提供的免費陰涼，安提瓜的火山灰土壤，這些爲精品咖啡的生長提供了條件。
瑕疵名稱：全黑豆
SCAA 級別 :
全黑豆是一種一級瑕疵；
1顆明顯的全黑豆＝1個完整瑕疵
瑕疵名稱：局部黑豆
SCAA 級別 :
局部黑豆是一種二級瑕疵；
1顆豆中一半以下顏色爲黑色，3顆豆＝1個完整瑕疵
成因:
1)農業: 變黑，是微生物過度發酵產生色素而導致的結果。
預防措施:
1) 農業。黑豆可在採摘時預防，只從樹上採摘成熟的果實，而且避免在農場處理時過度發酵。
2) 處理。當咖啡豆內果皮去掉以後，黑豆非常明顯。它們通常較小而且密度低，有些可以通過篩網和密度分級器移除。最有效挑選黑豆的方法是通過手選或顏色分級器。
瑕疵名稱 :全酸豆
SCAA 級別 :
全酸豆是一種一級瑕疵；
一顆全酸豆＝一個完整瑕疵
瑕疵名稱 :局部酸豆
SCAA 級別 :
局部酸豆是一種二級瑕疵；
一顆豆中一半以下是酸豆，3顆豆＝1個完整瑕疵
成因:
農業和處理。酸豆是發酵引起的，它是在採收和處理過程中多處被微生細菌污染所導致的結果。具體原因包括：採摘過度成熟的果實，採收已落下的果實，處理時水污染，或果實還依附在樹上時由於潮溼環境過度發酵。
預防措施:
1) 農業: 只採摘成熟的果實（避免過度成熟的果實），不要採收已落下的果實，不在靠近江河湖海或水壩的低海拔地區種植咖啡，以避免過度發酵咖啡豆。
2) 處理: 酸豆可通過以下方法避免確保及時去除果肉（採摘後立即去除，避免拖延存儲）。全水洗處理時，控制在發酵池的發酵時間。在水洗出來過程中避免污染或循環用水。乾燥處理時應及時且持續完成。當咖啡豆去除內果皮後酸豆顯而易見，顏色分級器和手選分級可去除多部分酸豆。
瑕疵名稱 :黴菌豆
SCAA 級別 :
一級瑕疵。
1顆黴菌豆＝1個完整瑕疵
成因:
農業和處理。黴菌豆通常被麴黴和青黴真菌感染，從採摘到存儲，不適宜的溫度和溼度會使鐮胞菌屬對咖啡豆的傳染無處不在。它將誘導黴菌增長。如果黴菌孢出現，真菌只會在這些條件下生長。
預防措施:
1)農業: 從咖啡必須種植在溫度溼度適宜的產區，這種環境也適宜黴菌生長，必須盡力抑制從黴菌源中產生帶菌物。包括採收來自地上或嚴重蟲蛀的果實，以及遺留在採收籃和乾燥槽內的咖啡豆。
2)處理: 良好的鮮果加工和脫殼加工的過程可以預防咖啡的感染。感染的原因包含去除果肉時咖啡豆斷裂或破損而無法控制發酵，豆子遺留在發酵池內，延緩乾燥，中斷乾燥過程，蟲蛀，以及將帶殼豆存儲於高溼高溫的條件下。
3)農藝: 只採摘成熟的果實（避免過度成熟的果實），不要採收已落下的果實，不在靠近江河湖海或水壩的低海拔地區種植咖啡，以避免過度發酵咖啡豆。黴菌豆在咖啡豆脫殼加工去除內果皮時顯而易見。在這一階段，顏色分級器會去除多部分重度黴菌感染咖啡豆，而輕微黴菌豆則只能通過手選去除。
瑕疵名稱 :異物
SCAA 級別 :
一級瑕疵。
1個異物＝1個完整瑕疵
成因:
多種：異物會在任何過程中產生。
預防措施:
1)農業: 無。
2)處理:異物可通過以下方式移除或避免：
採摘時注意樹枝和葉子。
在曬場晾曬時注意其他物質，如石頭，木屑，釘子等
在脫殼加工廠，使用適當的設備，如去石機，磁體，有效移除異物。
瑕疵名稱 :咖啡乾果／幹豆莢
SCAA 級別 :
一級瑕疵。
1個乾果
或幹豆莢＝1個完整瑕疵
成因:
1)農業: 乾旱和疾病使果實在樹上變幹，甚至掉落在地上。
2)處理: 在水洗處理咖啡中，咖啡乾果或幹豆莢的存在是由於低端的去除果肉過程和在接收站用水初選漂浮豆（乾果）失敗的結果，設備缺乏保養或調整。在日曬處理的咖啡中，咖啡乾果或幹豆莢的存在是不適合的去殼處理和分級導致的結果。
預防措施:
1)農業: 避免從地上或樹上採收乾果實。
2)處理: 乾果太多時，脫殼機不能有效去除。在接收站移除所有漂浮豆，保持去除果肉機正確校對和保養將會減少乾果的產生。任何通過脫果肉機的幹豆莢都可在脫殼加工時通過度分級器挑選移除。
瑕疵名稱 : 蟲蛀豆
SCAA 級別 :
嚴重蟲蛀豆屬於一級瑕疵，3或更多穿孔
5顆嚴重蟲蛀豆＝1個完整瑕疵
SCAA 級別 :
輕微蟲蛀豆屬於二級瑕疵，少於3個穿孔
10顆輕微蟲蛀豆＝1個完整瑕疵
成因:
1)農業: 漿果蟲是一種咖啡種植中最嚴重的蟲害。這種蟲（咖啡果小蠹）在咖啡果和樹中啄洞，在軟的種子中挖掘通道併產卵。新生蟲卵通常從另一端出現，使一顆咖啡豆中產生兩個洞孔。一顆豆中有多條通道是不常見的。這種蟲病的發病率往往隨着海拔的增加和下降。
預防措施:
1)農業: 避免蟲蛀咖啡最好的方法是注意觀察並杜絕蟲害繁殖喜歡的條件。噴灑藥物是一種選擇，但是它的影響有限，需要綜合病蟲管理技術（如：真菌管理特殊設計）（球孢白僵菌）還有非洲黃蜂的使用, 由於蟲害在種子內繁殖，很有必要撿出所有掉落在地上的咖啡果以消除其繁衍擴散的條件。另外，成熟果實的果肉能夠承載病蟲，因此在樹和完全堆肥之間應該保持合理的距離。在採摘時識別健康和蟲蛀果實是不可行的，因爲蟲蛀損害一般在內部，如果不是非常細心觀察根本無法發現。
2)處理: 到運送的脫殼加工廠後，蟲蛀咖啡豆在脫除內果皮後便顯而易見。在這一階段，密度分級器可以移除多部分嚴重蟲蛀豆。如果嚴重感染的咖啡應該使用手工挑選。嚴重蟲害感染對咖農有毀滅性的影響，會使大部分收成無法出口。
溼磨過程中破壞
幹磨過程中破壞
瑕疵名稱 : 破損豆，破裂豆，斷裂豆
SCAA 級別 :
二級瑕疵：5顆破損豆＝1個完整瑕疵
成因:
1)處理: 破損豆，破裂豆或斷裂豆通常在去除果肉過程中或脫殼處理時由於機器調整錯誤，使豆子過度摩擦或使用過大壓力而出現。
預防措施:
1)農業: 採摘和處理只成熟的果實，因爲未成熟或不全熟的果實不能正確去除果肉。未成熟的果實根本無法去除果肉。
2)處理: 注意調整除果肉機以避免對豆子的過度壓力或摩擦。
在脫殼加工廠，調整脫殼機以避免豆子的摩擦，且使用密度分級器和大小分級機移除小形的破損豆破裂豆或斷裂豆。較大的豆子必須用顏色分級器或手工分級。
瑕疵名稱 :未熟豆
SCAA 級別 :
二級瑕疵。
5顆未熟豆＝1個完整瑕疵
成因:
1)農業: 未熟豆是由於多種原因導致未完全生長好而形成，包括不適當採摘未熟豆和高海拔地區由於完熟品種而導致的採摘不均勻。
預防措施:
1)農業: 未熟豆可以通過僅採摘成熟果實而避免，也可以在中高海拔地區培養早熟的品種。
2)處理: 未熟豆可在鮮果加工和脫殼加工時被移除。鮮果加工時，很多未熟豆在除果肉後殼通過目數大小區分。脫殼加工時，很多未熟豆可通過密度分級被移除，但是很多顏色分級機無法移除這種瑕疵。
瑕疵名稱 : 死豆
SCAA 級別 :
二級瑕疵。
5顆豆＝1個完整瑕疵
成因:
1)農業: 死豆的主要成因是咖啡豆在果實中成長時水的缺乏（乾旱）。這種損傷取決於密度和乾旱持續時間。如果咖啡植物脆弱或不健康，對豆子的損傷機率非常高。
預防措施:
1)農業: 保持咖啡樹適當吸收營養，健康成長以降低傷害度。然而氣候失調現象，如“厄爾尼諾“會給農作物帶來毀滅性的影響。在乾燥時期，太多或錯誤的隱蔽樹與咖啡樹爭奪土中的水分。
2)處理: 重度死豆的密度較低，會漂浮在水面。在早期的水清洗過程中可將其移除。在脫殼加工時，尺寸小密度低的死豆會在密度分級器中被移除。較大較厚的的死豆需要通過手工挑選出來。
瑕疵名稱 :漂浮豆
SCAA 級別 :
二級瑕疵。
5顆漂浮豆＝1個完整瑕疵
成因:
1)處理: 這種瑕疵是由於不適當的存儲和乾燥產生。通常由於帶殼豆遺留在乾燥機的角落或曬場上而產生已褪色且密度低的豆子。帶殼豆存儲在溼度高的條件下也能產生漂浮豆。
預防措施:
1)農業: 無。
2)處理: 帶殼豆必須均勻乾燥至一個非常合適的含水量。在脫殼加工時，一些低密度的漂浮豆可通過密度分級器被移除，但是一些高密度的需要通過顏色分級器和手工分級挑選出來。
瑕疵名稱 :貝殼豆
SCAA 級別 :
二級瑕疵。
5顆貝殼豆＝1個完整瑕疵
成因:
農業: 這是一個自然現象，由於遺傳導致。
預防措施:
1)農業: 挑選適當的咖啡品種並優化種植條件。
2)處理: 在脫殼加工時，貝殼豆可通過密度分級被移除。
瑕疵名稱 :帶殼豆
SCAA 級別 :
二級瑕疵。
5顆帶殼豆＝1個完整瑕疵
成因:
處理: 這種瑕疵出現在脫殼加工中，由於脫殼機不適當的校準而導致。
預防措施:
1)農業: 無
2)處理: 在脫殼加工時，保持脫殼機適當校準和保養。帶殼豆可通過密度分級器移除。
瑕疵名稱 : 果殼／果皮
SCAA 級別 :
二級瑕疵。
5個果殼＝1個完整瑕疵
成因:
1)處理: 果殼或果皮通常出現在日曬處理的咖啡中，沒有適當清潔。低端的除果肉機校準會產生鮮果皮碎片，最終乾燥成乾果殼。
預防措施:
1)農業: 無。
2)處理:
鮮果加工：正確校準和調整除果肉機；
脫殼加工：注意排風（風選）過程。注意密度分級器的校準和調整。
