公元3－7世紀建立了一些分散的封建王國。有記載的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世紀中葉~1293年）[4] ，後被麻喏巴歇征服；控制馬六甲海峽的新柯沙裏王國（1222~1292年）[5] ，引發了元爪戰爭，之後王室藉助元朝軍隊在爪哇建立了印尼歷史上最強大的麻喏巴歇封建帝國（1293~1478年）。
15世紀，葡萄牙、西班牙和英國先後侵入。1596年荷蘭侵入，1602年成立具有政府職權的“東印度公司”，1799年底改設殖民政府。
1942年日本佔領印尼，1945年日本投降後，印尼爆發八月革命，1945年8月17日宣佈獨立，成立印度尼西亞共和國。
印度尼西亞獨立後，先後武裝抵抗英國、荷蘭的入侵，發動了三次獨立戰爭。1947年後，荷蘭與印尼經過多次戰爭和協商，於1949年11月簽訂印荷《圓桌會議協定》。根據此協定，印尼於同年12月27日成立聯邦共和國，參加荷印聯邦。
1950年8月印尼聯邦議院通過臨時憲法，正式宣佈成立印度尼西亞共和國，同一年印尼成爲聯合國第60個成員國。1954年8月脫離荷印聯邦。
1967年，印尼與馬來西亞、菲律賓、新加坡和泰國成立了 “東南亞國家聯盟”（ASEAN，簡稱“東盟”），東盟已經擁有10個成員國，印尼是最具影響力的成員之一。[6]
1997年亞洲金融危機對印尼造成全面衝擊，引起局勢動盪。
1998年5月，執政長達32年的蘇哈托總統辭職，副總統哈比比接任總統。1999年10月，印尼人民協商會議（簡稱人協）選舉瓦希德爲總統，梅加瓦蒂爲副總統。2001年7月23日，人協特別會議以瀆職罪罷免瓦希德總統職務，梅加瓦蒂接任總統，哈姆扎·哈茲任副總統
在亞洲區出產的咖啡，最著名的相信是印度尼西亞的咖啡了。較爲著名的品種有蘇門答臘的曼特寧、西列比絲的卡努絲、爪哇的巴宏和針必及位於印度尼西亞南部弗洛斯島的AP等。
蘇門答臘的曼特寧咖啡豆一半是"水洗"豆，而另一半會是"風乾"豆，生豆賣相非常難看，很多初入門的咖啡烘焙商會對它的外表形狀產生誤解，認爲自己給人家騙了。但當曼特寧咖啡豆在烘焙後，尤其是在深度烘焙後，它的外觀是豐富而圓潤，質感濃厚，表面上的咖啡油也非常吸引，帶有果糖漿味，味道濃烈帶一些甘苦，還帶有強烈和特殊的香氣。此外曼特寧可以幫助消化，乃一充滿陽剛氣的咖啡。蘇門答臘還有另外一款的水洗豆叫"基幼山GayoMountain"，這款咖啡豆是由接駁的咖啡樹生長出來，生產數量並不多，所以也不是有很多人認識，在烘焙後它帶有丁香和豆蔻的香料風味，口感也不錯。
西列比絲的卡努絲（Kalossi）咖啡豆大多是水洗豆，這款豆的質感比較厚，但果酸性也高，而且含有野菇和類似中草藥的味道，並不是太多人喜歡，大部分賣往美國和日本。在西列比絲另外較爲著名的是陳年咖啡豆，但價格非常昂貴，而且要儲存在溫暖而潮溼的氣候纔會得到最佳效果。陳年咖啡豆在烘焙後會完全找不到任何酸味，它的質感豐厚，味道甘醇，效果就像陳年紅酒一樣，咖啡愛好者有機會到印度尼西亞的西列比絲必定要試一試。
爪哇咖啡豆到了現在已經失去了它們以往引以爲傲的名稱："摩卡-爪哇"，因爲在上世紀70年代的初期，農民將傳統的咖啡樹砍掉，改爲種植了一些高產量和高利潤的咖啡豆。在爪哇，大部分的咖啡豆都是用高溫機器去烘乾，所以它們已經失去了咖啡的真實感，在烘焙後酸味會很明顯，可以說爪哇已經很難再找到高質量的"阿拉伯加"咖啡豆
