薩爾瓦多阿瓦查潘咖啡來自歷史悠久的土地。位於薩爾瓦多西部的阿瓦查潘（Ahuachapán），由瑪雅部落於5世紀建立。在1770年代後期咖啡豆被引入薩爾瓦多。傳說18世紀後期在阿瓦查潘被兩個農民在田地裏發現了第一批咖啡，這批咖啡種植在阿帕內卡山脈。這裏的咖啡充滿了原生植物和火山土壤的倒影。

薩爾瓦多阿瓦查潘咖啡採用水洗處理法，水資源主要是使用莊園附近的溫泉水源，是世界上非常少見的方式。