商業上廣泛採用的除因方式，咖啡因的處理法主要有兩種：

EP，European Process，歐洲處理法；SWP，Swiss Water Process，瑞士水處理法。

EP：化學豆？

EP處理法，將咖啡生豆浸泡在水中，使用二氯甲烷（methylene chloride，一種有機溶劑）溶液吸收掉咖啡因，然後將生豆漂洗乾淨，乾燥之後，進入烘焙程序。除因過程只會吸收咖啡因，而對咖啡豆中的其他成分不構成影響。一般認爲，經過烘焙，EP法處理的咖啡豆不會有製劑殘留。不過，人們情感上大約還是會介意，化學成分的參與。

SWP：蒸汽豆？

目前使用最多的方法是“瑞士水處理法”，即把咖啡豆先泡入溫水，讓生豆中的風味物質儘可能全部溶於水中，將這批生豆棄置不用，以活性碳過濾精華液的咖啡因，用萃取過咖啡因的浸泡液來浸泡同一批次的生豆，由於只有咖啡因成分殘缺，生豆中的咖啡因會自發自動的溶入浸泡液中，因此咖啡生豆原本應有的風味就不會受到太多減損。

瑞士水處理法操作簡單，最大的優點是，除因過程中沒有任何化學制劑的參與，所使用的只是熱水和蒸汽，在處理的整個過程中幾乎不產生污染，是現在商業應用最多的一種處理方法，但這種處理法成本很高，一般被用於提取浸泡液的生豆不能再應用於生產，這是低因咖啡價格貴的原因之一。

SWP的最大優點是全程沒有化學溶劑參與，缺點是，水吸收咖啡因的同時也溶解了咖啡生豆的其他成分，包括一些天然咖啡油脂，有些油脂不能被生豆重新吸收。SWP處理的生豆會損失部分風味。

脫因咖啡的處理過程會產生不平衡的味道，有時會使豆子的味道變得很平淡，在購買無咖啡因咖啡時，應避免購買散裝或磨碎的咖啡，建議直接從當地的烘焙商處購買。