發黴豆：因爲乾燥不完全，或是在運輸、保管過程中受潮，而長出青色、白色的黴菌，有時會使豆子黏在一起，若不去除這些發黴的豆子，會產生黴臭味。

　　死豆：非正常結果的豆子。顏色不易因烘焙而改變，故容易分辨出來。風味單薄，與銀皮同樣有害無益，會成爲異味的來源。

　　未成熟豆：在其成熟前就被採摘下的豆子，有腥臭、令人作嘔的味道。將咖啡生豆靜置數年就是爲了對付這些未成熟豆兒採取的策略

　　貝殼豆：乾燥不良或者交配異常而產生;豆子從中央線處破裂，內側像貝殼般翻出。貝殼豆會造成烘焙不均，進行深度烘焙時容易着火。

　　蟲蛀豆：蛾在咖啡果實成熟變紅之際侵入產卵，幼蟲啃食咖啡果實成長，豆子表面會留下蟲蛀痕跡。蟲蛀豆會造成咖啡液渾濁，有時會產生怪味。

　　黑豆：較早成熟掉落地面，長期與地面接觸而發酵變黑的豆子。可輕易透過手選步驟調除。混入黑豆煮出來的咖啡會產生腐敗味且渾濁。

　　過幹豆(可可)：自然乾燥法使得果肉果肉殘留、未充分脫殼是它的成因。帶有碘味、土味等味道，會發出臭味。

　　帶殼豆：內果皮覆蓋在咖啡豆果肉內側，多殘留在水洗式咖啡豆上，烘焙時的透熱性差，有時還會着火燃燒，是造成咖啡澀味的原因。

　　其他還有破裂豆、紅皮豆(自然乾燥的過程中遇到下雨的豆子，味道平淡單調)、發育不良豆(養分不足而停止成長的小顆粒豆子，味道濃重)等，有時會混入玉米或者胡椒粒等等。

　　石頭：採收的豆子因爲自然乾燥法容易混入石頭或木屑等。

　　當然，認識這些咖啡豆中的瑕疵後，是不是就萬事如意了呢，肯定不會，這只是讓大家瞭解了他們，在實際的選豆過程中，還有自己廢下苦力，手工選豆。