全世界的咖啡屬植物大約有60多種，人工栽培用於製作咖啡的只有25種，其中用作商品咖啡的只有4種：大果咖啡(Coffea liberica)、中果咖啡(Coffea canephora)、小果咖啡(Coffea arabica)和高產咖啡(Coffea dewevrei)，這些是植物學上的學名。

目前世界上的咖啡從豆子的品種上分爲四大類：阿拉比卡(Arabica)、羅布斯塔(Robusta)、Liberica(產於利比里亞)、Esliaca(產於蘇丹)。其中Arabica阿拉比卡和Robusta羅布斯塔具有商業價值且大量被栽種，也是國際市場最主要交易的咖啡豆;而後兩種豆子在國際上不常見。

阿拉比卡(Arabica)，是最傳統的咖啡品種。原產於東非，在公元15世紀以前，咖啡長期被阿拉伯世界所壟斷，因此被歐洲人稱爲“阿拉伯咖啡”。被公認爲最良品種，最初僅種植於喀麥隆和幾內亞高原，後引入拉丁美洲和亞洲。

原來世界上的商品咖啡都是小果咖啡，只是到了19世紀末，發生了一次大面積的病害，種植者纔開始尋找其他抗病的品種，目前小果咖啡仍然是最主要的咖啡品種，約佔世界咖啡總產量的3/4。主要在拉丁美洲各國種植，也有部分在印度尼西亞和太平洋島嶼種植。目前世界最大的咖啡產地巴西的地理氣候條件非常適合小果咖啡的生長，種植的主要咖啡品種也是小果咖啡，巴西的咖啡產量佔世界總產量的1/3以上。

小果咖啡的果實比中果咖啡和大果咖啡要小，漿果橢圓型，一般內有兩粒種子，即所謂的“咖啡豆”。小果咖啡適合生長溫度爲20℃左右、海拔600米富含礦物質的火山地質土壤生長。

中果咖啡：又稱甘弗拉種，原產地在中非。它的變種之一羅布斯塔(Coffea robusta)，是世界咖啡生產的第二大品種，佔世界咖啡產量的20%左右。中果咖啡的漿果較小果咖啡大但比大果咖啡小，抗病害的能力強，適合在海拔200-300米的熱帶氣候中生長，含咖啡因濃度高，約爲2%-4%，但入口有酸、澀味，主要在印度尼西亞、印度、烏干達等一些熱帶國家種植。其耐病能力和產果率更高，能栽培於小果咖啡無法生存的溼熱地區，主要用來大型咖啡工業生產速溶咖啡及作爲綜合咖啡的調配。

大果咖啡：亦稱利比里亞咖啡，原產地是利比里亞，主要在非洲利比里亞、科特迪瓦、馬達加斯加種植，耐性很強，但質量較差。抗蟲害、適合高溫潮溼氣候的品種，其漿果和種子都要比小果咖啡大到近兩倍，香味濃郁，但味淡，一般北歐人比較喜歡這種咖啡。