咖啡屬的植物約有40種，但能夠生產出具有商品價值咖啡豆的僅有，阿拉比卡、羅布斯塔、利比里亞種這三種稱爲“咖啡三大原生種” 阿拉比卡種：阿拉比卡種的原產地是埃塞俄比亞高原。在所有咖啡種當中阿拉比卡種的咖啡佔75%--80%，他的絕佳風味與香氣，使它成爲這些原生種種唯一能夠直接飲用的咖啡。不過它對於乾燥、霜害病蟲害等抵抗力過低，特別不耐咖啡的天敵---葉鏽病。 羅布斯塔種：在非洲剛果發現的耐葉鏽病的品種，羅布斯塔種具有獨特的香味(稱爲“羅布味”的異味，有些人認爲是霜臭味)與苦味。它一般被用於速溶咖啡，(其萃取出的咖啡液大約是阿拉比卡種的2倍)灌裝咖啡液體咖啡等工業生產咖啡上，咖啡因含量爲3.2%左右高於阿拉比卡的1.5% 利比里亞種：西部非洲爲利比里亞種咖啡的原產地，對於不論是高溫或者低溫，潮溼或者乾燥等各種環境，皆有很強的適應能力，唯獨不耐葉鏽病，風味又較阿拉比卡差，故僅在西非部分國家國內交易買賣或者栽種供研究使用。