加拉帕戈斯羣島是由火山噴發而形成的，島上聳立着一座座高大的火山，最高的在羣島中面積最大的伊莎貝拉島（伊莎貝爾）上，名爲沃爾夫火山（1707米），次高的是一座死火山，亦在該島上，名爲阿蘇爾山（1689米）。一些火山口形成的天然湖泊猶如鑲嵌在火山頂峯的碧玉，晶瑩閃亮。崎嶇不平的地表堆滿了暗紅色的火山噴發物。這個羣島雖然距赤道不遠，但由於受祕魯寒流的影響，這裏不適於終年高溫多雨、植物繁茂的熱帶雨林的生長，只有一些仙人掌和灌木叢分佈在其沿海地區；高大的樹木生長在較高的山坡，樹下鋪滿羊齒類植物。這裏受祕魯寒流的影響，雖地處赤道附近，但並非終年高溫多雨。這樣的環境適合熱帶和寒帶動物共同生存。你可以在這裏看到多種類型的動物：海獅、海豹、海獺、鵜鶘、信天翁、企鵝、反舌鳥、火烈鳥等。

毫無疑問，給達爾文靈感的就是加拉帕戈斯的成羣結隊的雀科鳴鳥。所有這些鳥都是偶然從南美洲飛抵這裏的古老品系的後代。它們在整個島上找到了許多閒置的適於棲息的生態環境，並進化成能在體形大小、鳥喙形狀、羽毛顏色、聲音、飲食和行爲等方面各有不同的13個品種。不同品種的鳥，其嘴部的差異性就是這種適應性傳播的最好證明。有些鳥具有典型的食籽喙，另一些以仙人掌植物爲食的鳥長有一種長而尖的嘴，還有一些以昆蟲爲主食的鳥擁有一個小乳頭狀的鳥喙。啄木鳥不僅長有一個專門的喙，而且還形成一種複雜的行爲模式，包括用仙人掌刺去捕獲裂縫中的幼蟲。

最著名的動物有巨型海龜（又稱“象龜”），它們的數量成千上萬，身長多在1米以上，成熟的龜體體重約180千克，最重的體重可達250千克，壽命最長的可達400年。這裏的巨龜，即便是同一種類，因其生存島嶼的不同，甲殼的形狀各有差異。

這裏還因爲生存着聞名遐爾的史前爬蟲類動物鬣蜥（亦稱“海鬣蜥”）而引起全世界的關注。這些鬣蜥能潛入海水中捕捉食物，而雌鬣蜥必須經長途跋涉到火山口產卵。這種鬣蜥僅以海草爲食，7種不同的海鬣蜥，每種都顯示明顯的差異，並在不同的島嶼上進化。6個島嶼上均有一種爲加拉帕戈斯羣島特有的陸生鬣蜥。這種地球上惟一尚存的海鬣蜥可以在海底爬行，它們以海草爲食，並且通過發育不完全的蹼足適應了海上生活方式。