咖啡樹原產於非洲埃塞俄比亞西南部的高原地區。據說一千多年以前一位牧羊人發現羊喫了一種植物後，變得非常興奮活潑，進而發現了咖啡。還有說法稱是因野火偶然燒燬了一片咖啡林，燒烤咖啡的香味引起周圍居民注意。

當地土著人經常把咖啡樹的果實磨碎，再把它與動物脂肪摻在一起揉捏，做成許多球狀的丸子。這些土著部落的人將這些咖啡丸子當成珍貴的食物，專供那些即將出徵的戰士享用。直到11世紀左右，人們纔開始用水煮咖啡做爲飲料。13世紀時，埃塞俄比亞軍隊入侵也門，將咖啡帶到了阿拉伯世界。因爲伊斯蘭教義禁止教徒飲酒，有的宗教界人士認爲這種飲料刺激神經，違反教義，曾一度禁止並關閉咖啡店，但埃及蘇丹認爲咖啡不違反教義，因而解禁，咖啡飲料迅速在阿拉伯地區流行開來。咖啡Coffee這個詞，就是來源於阿拉伯語Qahwa，意思是“植物飲料”，後來傳到土耳其，成爲歐洲語言中這個詞的來源。咖啡種植，製作的方法也被阿拉伯人不斷地改進而逐漸完善。

17世紀咖啡的種植和生產一直爲阿拉伯人所壟斷。當時主要被使用在醫學和宗教上，醫生和僧侶們承認咖啡具有提神、醒腦、健胃、強身、止血等功效；15世紀初開始有文獻記載咖啡的使用方式，並且在此時期融入宗教儀式中，同時也出現在民間做爲日常飲品。因伊斯蘭教嚴禁飲酒，因此咖啡成爲當時很重要的社交飲品。

1570年，土耳其軍隊圍攻維也納，失敗撤退時，有人在土耳其軍隊的營房中發現一口袋黑色的種子，誰也不知道是什麼東西。一個曾在土耳其生活過的波蘭人，拿走了這袋咖啡，在維也納開了第一家咖啡店。16世紀末，咖啡以“伊斯蘭酒”的名義通過意大利開始大規模傳入歐洲。相傳當時一些天主教人士認爲咖啡是“魔鬼飲料”，慫恿當時的教皇克萊門八世禁止這種飲料，但教皇品嚐後認爲可以飲用，並於祝福了咖啡，因此咖啡在歐洲逐步普及。

起初咖啡在歐洲價格不菲，只有貴族才能飲用咖啡，咖啡甚至被稱爲“黑色金子”。直到1690年，一位荷蘭船長航行到也門，得到幾棵咖啡苗，在印度尼西亞種植成功。1727年荷屬圭亞那的一位外交官的妻子，將幾粒咖啡種子送給一位在巴西的西班牙人，他在巴西試種取得很好的效果。巴西的氣候非常適宜咖啡生長，從此咖啡在南美洲迅速蔓延。因大量生產而價格下降的咖啡開始成爲歐洲人的重要飲料