從可可樹(Theobroma)中提取而製作的飲料，在阿茲特克人(Aztecs)及其同時代的各種社會及宗教儀式中被廣泛應用，至此在16世紀的中美洲可可成爲最珍貴的商品之一。獨特的中美洲的可可製作方式包括對可可豆發酵處理、烘乾、選擇性的烘烤、碾碎以及與水混合製作成苦澀懸濁液，緣於侵入的歐洲人對此飲料的喜愛才延生出現代的巧克力工業。

　　來自康奈爾大學和伯克利加州大學的研究人員通過對從波多阿斯康蒂多(Puerto Escondido)地區(即現今的洪都拉斯)發掘出的陶器中提取的殘留物進行化學分析，顯示最早的可可飲料應起源於公元前1000 年，將人們確定的可可使用的年代又提前了至少500 年。他們通過使用在蒸餾水、甲烷/甲醇、或是氯仿/甲醇中煮沸和加熱碎片的方法來收集吸收在陶器碎片中的殘留物質。然後使用液相色譜-質譜法以及氣相色譜-質譜法對殘留物質進行分析。通過從古器物中提取出來的樣品進行檢測，11 個樣品顯示可可陽性或邊界陽性(borderline positive)。液相色譜-質譜法發現古器物中含有可可鹼(3，7-二甲基黃嘌呤)，一種中美洲可可樹特有的化合物，因而被作爲古器皿的自然產物的標記化合物。另有兩個樣品，通過使用氣相色譜-質譜法檢驗發現具有可可鹼邊界陽性。