咖啡的發酵是咖啡溼法加工中最重要的步驟之一，關係到咖啡質量的好壞。很多人都會問發酵爲的什麼?這個問題一般都會說爲的是脫膠;其實不然，咖啡內果皮上的粘液，是有糖、酶、原果膠質和果膠質組成的一種有機物質，通過細菌作用進行自然發酵可溶解，便於洗去;另外，發酵時的“浸泡”也能使咖啡豆的各種成分相互滲透，提高產品的均勻度。

溼法加工(也就是我們所說的水洗豆)的咖啡無論用什麼方法除去粘液，都應當將其完全除去，否則殘留的粘液會給微生物提供有利的媒介，致使咖啡出現怪味。發酵過程中應避免發酵過度或發酵不完全現象，發酵過度會導致咖啡豆表面變黃，影響了質量;發酵不完全會使咖啡內果皮帶有果膠，在貯藏過程中吸溼，以致咖啡有黴味，所以在初加工過程中發酵是最爲關鍵，不同的溫度環境發酵時間也有不同，以手搓有糙感爲準，清洗後再用清水浸泡8-10小時就可以曬牀上，曬乾或半日曬半陰乾。