很多對咖啡心存疑慮的人，擔心的主要是健康問題，最大的不確定因子就是，咖啡因。
最常遇見的擔心是咖啡因會影響睡眠。
其實，我們日常生活中，接觸到的許多飲食，都含有咖啡因成分，比如茶、可樂，只是相對咖啡而言，這些飲食在我們的日常生活中已經司空見慣，衆人接受度更高。
咖啡飲品
目前常見的是速溶咖啡和使用咖啡豆現磨現做的咖啡。
美國食品與藥品管理局曾就常見咖啡飲品的咖啡因含量做過測量，結論如下(默認一杯飲品約爲150ml)：

類別	浮動區間（mg/5oz）	平均（mg/5oz）
烘焙現磨咖啡（手衝萃取）	60-180	115
速溶咖啡	30-120	65

速溶咖啡雖然單杯咖啡因含量低於手泡咖啡，但是消費數量更多。
根據製作者的不同，咖啡因含量差異較大。通常，大部分速溶咖啡約在71mg，滴濾方式基本在85mg以下。
此外，咖啡的品種也會帶來咖啡因含量的巨大差異，羅布斯塔種咖啡的咖啡因含量是阿拉比卡種咖啡(Coffea. Arabica)的兩倍。
其他飲品
茶葉是日常接觸最多的咖啡因飲品，幾乎是我們的全民飲料，我們TC通常也被認爲是傳統的茶文化國家。
就相同重量而言，茶葉的咖啡因含量要大於咖啡，但是沖泡等量飲品，使用的茶葉量要少於咖啡。根據加拿大的一項調查研究，根據茶葉的種類和沖泡時間差異，咖啡因含量如下：
(平均值， mcg/ml)

類別	2分鐘	5分鐘
茶包	238	402
散茶	189	295

家庭沖泡的樣品中，咖啡因含量較低，約159mcg/ml，不過變化範圍很大。通常一杯茶的咖啡因含量要小於60mg，不過濃茶的咖啡因含量可能大於淡咖啡。
再來看看另外一類日常食品，可可和巧克力類飲品。每杯含量約爲4-5mg，純巧克力以及烘焙用巧克力中每盎司約含有10-26mg咖啡因，大約是每克含0.7-0.9mg的咖啡因。
另外，大部分軟飲，如可樂，也含有咖啡因。對可樂而言，用來增加香氣的可樂堅果中含有咖啡因，每12oz可樂中可能含有30-60mg咖啡因。主流可樂品牌中每升約含120mg咖啡因。
藥品
許多藥物中也含有咖啡因，常見於治療頭痛類、緩解疼痛類、改善消化類、感冒類等藥品。根據藥物種類的不同，每粒藥物中咖啡因的含量從7mg到200mg不等。
我們日常生活中還真是離不開咖啡因，即使不飲咖啡，咖啡因也早已經是我們日常生活的一份子。科學家們認爲，適量攝入咖啡因不會影響健康。通常，建議每日咖啡因攝取量控制在300mg以內，大約是3-4杯手泡咖啡。