一、根
咖啡屬淺根作物，用種子繁殖的植株爲圓錐根系。從品種上看，小粒種、中粒種的根較淺，大粒種的根較深。雲南小粒咖啡3~4年生結果樹，主根深70cm左右。從主根長出側根，呈水平生長的稱水平側根，向下生長的爲垂直側根，從側根抽生的根分別稱爲二級側根、三級側根。咖啡的根系有明顯的層狀結構，一般每隔5cm爲一層，但大部分吸收根分佈在0~30釐米土層內。咖啡根系的再生能力較強。
二、莖
咖啡的莖直立，嫩莖略呈方形，綠色、木栓後呈圓形，褐色。小粒種咖啡莖節間長4~7cm，每個節上生長一隊葉片，葉腋有疊生芽，在上的稱上芽，在下的稱下芽。上芽發育成一分枝，下芽發育成直生枝。上芽與下芽同時萌動。
咖啡主幹的生長有明顯的頂端優勢。靠近主幹頂部的枝條生長特別旺盛。但這種優勢隨着主幹的增高而減弱。若任主幹自然生長，各類咖啡可按照其生長力，繼續長高。小粒種達4~6米，中粒種達6~8米，大粒種可達10多米。
主幹的生長具有季節性變化。旱季生長量小，節間短;雨季生長量大，節間長;冬季生長量最小，節間最短，出現密節。咖啡的枝條按其着生部位及生長方向分爲下列幾類：一分枝、二分枝、三分枝、次生分枝、直生枝。
三、葉
咖啡的葉對生，一般是兩列平展，個別單葉輪生。葉柄短，葉片革質，綠色。有光澤，橢圓形至長橢圓形。小粒種咖啡葉片大小比較均勻，葉片小而末端比較尖長，葉緣波浪明顯，長約12~16cm，寬約5~7cm。咖啡樹的葉片屬於典型的腹背對稱。葉片喊有單寧、澱粉粒及草酸鈣。
四、花
花數朵至數十朵叢生於葉腋間，每2~5朵花着生於一個花軸上，花梗短，花白色，芳香。中、小粒種花瓣一般爲5片。花瓣基部連接呈管狀，形成高腳蝶狀花冠。雄蕊一般與花瓣同數，着生在花冠咽喉部。花葯兩室着生在花絲的兩端，兩者構成“丁”字狀。雌蕊花柱長絲狀，柱頭兩裂，子房下位，通常兩室。每室中央胎座上有一個倒生胚珠，珠柄基短。蟲媒花，大粒種和小粒種能自花授粉，中粒種多爲異花授粉。
咖啡是一種短日照植物。咖啡具有多次開花現象及花期集中的特性。小粒種咖啡在雲南(德宏傣族景頗族自治州)花期2~7月，盛花期3~5月。咖啡的開花受氣候，特別是雨量和氣溫的影響較大。咖啡花壽命短，只有2~3天的時間。小粒種咖啡一般在清晨3~5時初開，5~7時盛開。
五、果
果爲漿果。橢圓形，長9~14毫米，幼果綠色，成熟時呈紅色、紫紅色。每個果實一般有種子兩粒，呈半橢圓形，有一條縱溝，稱腹溝。
咖啡果實發育時間較長。小粒種咖啡需8~10個月(在當年的10~12月成熟);中粒種咖啡需10~12個月(11月至次年的5月成熟);大粒種咖啡需要12~13個月。雨量對果實發育的影響較大，氣候條件直接影響果實的發育
