一般來說，保存咖啡豆的容器，蓋子內側都有橡膠圈墊，烘焙後的咖啡豆，香氣易散發，還會吸附周圍的氣味，所以，應該用密封的瓶罐來保存咖啡豆。

與空氣接觸，會加速咖啡豆的氧化。隨着咖啡豆減少，容器內的空隙越來越大，這時應向容器內填充一些棉花之類的材料，以縮少多餘的空間。將咖啡豆置於高溫潮溼處，咖啡豆表面會沁出油脂，這時，咖啡豆已經氧化，香氣流失，風味不再。保存咖啡豆時，應該免光線的直射，避免放置於暖爐附近等高溫場所。

常溫下，烘焙後的咖啡豆可保鮮兩週的時間。放入冰箱冷藏會使保持期延長，可保鮮一個月左右。但是，打開冰箱取放咖啡時，與外部的溫差會產生水霧，從而加速了咖啡豆的變質。冷藏保存或冷凍保存時，可用食品袋或保鮮膜將咖啡豆分成小份包裝，使用時取出所需的量即可。同時，要等咖啡豆恢復常溫後再進行研磨