有人嘗試證明咖啡在醫學上的正當性，也有人反其道而行之，把咖啡引爲自己學說的註腳。17世紀初期，古希臘沿襲而來的四體液說依然在醫學界具有主導地位，這種學說認爲自然物質是由空氣、水、火、土，配以熱、幹、溼、冷四種性質組成。推論到醫學，認爲人體與此相應也有相關的四種體液(黃膽汁、黑膽汁、血和粘液)，各種體液之間的均衡關係到人的健康和性格。醫學界嘗試把咖啡也納入到這種液體體系裏，但在對咖啡的作用原理不甚瞭解的情況下，這樣做不僅缺乏科學性，實行起來也困難重重。有人說咖啡是涼性的，有人說咖啡性溫，有人根據咖啡的加工過程(烘焙)認爲它能夠使血液粘稠，還有人說它能稀釋膽汁，使人冷靜。每種觀點都有明顯漏洞，彼此抓住別人的弱點指責，最後誰也不能說服誰，在醫學上當然沒有結論。漸漸地醫學界就達成一種不成文的妥協：咖啡對身體有益，並且這種益處是全方位的，它能夠治療所有因體液失衡帶來的疾病。這種妥協爲咖啡的傳播提供了正當性。一種精神性的飲料現在被醫學界證明有益健康，並且它的口味確實不差，那麼它的流行也就是必然的了。到了18世紀，這種誤解依然沒有結束，狄德羅相信咖啡對粘液質的人尤其有好處，尤其是肥胖者。他在《百科全書》裏強調，瘦的人由於大多不是粘液體質，就沒必要喝咖啡啦。

18世紀以後，咖啡的價格下降了不少，能夠喝得起咖啡的人日漸增多。醫學界認爲咖啡能夠治療胃氣脹、強肝益膽，普通人認識到了咖啡提神的益處，味覺上也漸漸適應了它的苦味，在早餐和閒暇時放棄啤酒，效仿貴族喝上了咖啡。但這個時候，人們對於咖啡的認識還遠遠談不上完善，和這個時代湧入歐洲的大量來自殖民地和東方的新奇事物一樣，人們對於這些非本地出產的、無法在日常經驗中直接感知的東西，不是過分美化，就是懷有恐懼。許多醫生認爲咖啡幾乎能夠包治百病，而在咖啡可能帶來的副作用上，懷疑也沒有停止過。瑞典國王古斯塔夫三世(1746～1792)曾經一直想證明咖啡有毒，他找來兩個死刑犯人，強迫他們每天分別喝咖啡和茶，並令宮廷醫生觀測記錄。這兩個犯人在喝了一段時間昂貴的飲料後，都獲得了自由，令他們的獄友十分眼紅。許多藝術家都是咖啡愛好者，這種恐懼後來成爲他們的嘲弄對象。巴赫的《咖啡康塔塔》唱詞俏皮，樂風歡快，講一個市民家庭的女兒嗜好咖啡，父親想盡辦法禁止，終告徒勞。終曲的三重唱裏唱道：“就像貓要抓老鼠，人人都要喝咖啡。”另一位不太著名的作曲家卡爾·戈特利伯·赫林寫了一首《咖啡卡農》，分別以“C-a-f-f-e-e”的6個字母作爲每段的調性，即C大調、a小調、f小調和e小調。他在樂譜開頭還特別註明：“別喝那麼多咖啡!”